A limitação de recursos e a priorização social têm feito com que a eficiência na saúde pública se torne pauta de diversos debates. Contudo, muitas vezes as escolhas dos governantes podem seguir prioridades individuais, conforme preconizado pela teoria das escolhas públicas, em especial na área epidêmica, que é fortemente influenciada pelo pânico e pela mídia. Diante disso, objetiva-se analisar a eficiência dos recursos públicos aplicados em vigilância epidemiológica, na mitigação de doenças como a Aids, a Dengue e a Gripe Influenza. Por meio de estatística descritiva, correlação e regressão de dados em painel, analisam-se 240 observações, em 60 municípios catarinenses, durante 4 anos. Os resultados indicam que os gastos explicam as ocorrências de Aids e de Gripe em sentido inverso ao sugerido pela literatura (quanto mais gastos, mais casos dessas doenças). Por outro lado, os casos das três doenças aumentam os gastos epidemiológicos. Portanto, as escolhas dos gestores parecem se direcionar mais para o tratamento do que para a prevenção das doenças, o que contraria os preceitos do Sistema Único de Saúde, aumenta os riscos de epidemias e pode agravar a crise na saúde pública. As discussões demonstram possíveis fatores ocasionais, como a falta de temporalidade na alimentação do sistema e distorções quanto ao local de incidência dos casos, o que também pode levar o gestor à tomada de decisão equivocada ou divergente daquela esperada por seus eleitores.