O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito de fatores ambientais na qualidade microbiológica da água e da carne de ostras (Crassostrea gasar) cultivadas em dois estuários da Amazônia, no Pará, Brasil. Os estuários foram localizados na comunidade de Nova Olinda em Augusto Corrêa (site 1) e na comunidade de Lauro Sodré em Curuçá (site 2). Os parâmetros físico-químicos da água (chuva, salinidade, temperatura e pH) foram avaliados ao longo de um período de um ano. Foram utilizados um total de seis litros de água e 720 amostras de ostras de fazendas de ostras para analisar coliformes, Staphylococci Escherichia coli, estafilococos coagulase-positivos, fungos, leveduras e Salmonella spp. A chuva e a salinidade foram os fatores ambientais que mais influenciaram a qualidade microbiológica da água e da carne de ostras. As médias de coliformes totais e termotolerantes foram maiores na água de cultivo do site 2 (Curuçá) do que no site 1. A carne de ostras do site 1 (Augusto Corrêa) apresentou níveis médios mais altos de coliformes totais e termotolerantes, estafilococos coagulase-positivos e fungos e leveduras do que a do site 2. A E. coli estava ausente na água e na carne de ostras de ambos os locais. Salmonella spp. foi encontrada em 38,33% da carne de ostras, sem diferenças significativas entre os locais e períodos sazonais. A qualidade da água foi considerada boa para o cultivo de moluscos bivalves. No entanto, a presença de Salmonella spp. na carne de ostras comprometeu a qualidade sanitária e representa uma ameaça à saúde pública. Portanto, são necessárias instalações de depuração e monitoramento microbiológico.